En este torneo repitió la liguilla en cuartos contra Atlas y en semifinales contra Guadalajara cambiando la historia del torneo anterior. Tras dos cuartos puestos seguidos en la Serie A, la Juve volverá a competir para intentar recuperar aquellos buenos años en los que lograron ganar nueve campeonatos seguidos. Todos los países del mundo que fueron visitados por Independiente alguna vez, tanto de forma oficial como amistosa. A pesar de la intensa actividad el equipo logra actuaciones sobresalientes, pero no exitosas; al perder la final del Clausura 2007 ante el Pachuca con global 3-2, sufriendo apenas su segunda derrota como local en finales de liga y con la salida de su último jugador emblemático: Cuauhtémoc Blanco.