El equipo se mantuvo durante 5 temporadas más en Tercera División, con jugadores de la casa y a punto de desaparecer, algo que no ocurrió gracias a que se hicieron cargo de la entidad los responsables de la Escuela de Fútbol Francisco Castejón, encabezados por el Maestro D. Juan Herrera, aunque finalmente se acaba descendiendo a Regional Preferente en la 2002-03. Tras dos años, uno en Regional Preferente y ya el segundo en la recién creada Primera División Andaluza el entrenador con el que el club logró ser Campeón de Liga del Grupo IX de la Tercera División en 1992, José Carlos Fernández «Tello», rescató del ostracismo al equipo, firmando una gran temporada 2005-06, proclamándose campeón de liga y devolviéndolo de nuevo a Tercera División desde la temporada 2006-07, llegando incluso a jugar una nueva fase de ascenso a 2ªB en la 2007-08, siendo dirigido por Adrián Gonzálvez, que le enfrentó en eliminatoria a doble partido al Club Deportivo Toledo y en la que sucumbió en el Salto del Caballo por penaltis tras lograr imponerse en la ida por 1-0 con gol de su capitán Damián y caer por el mismo resultado en Toledo, la suerte de los penaltis reflejó un 5-4 para los toledanos.