En la temporada 2007-08 se produce quizás el momento más grave en la historia del fútbol base del Betis, cuando en el equipo cadete regional se produce la dimisión del entrenador y delegado del equipo por discrepancias con la directiva del club. Además, el club atraviesa por una grave crisis institucional culminada con la dimisión el 23 de abril de 2008 del vicepresidente Jesús Frades González. Mientras tanto, en la Copa del Rey, el Atlético quedó eliminado en cuartos de final por el Valencia CF.